La abundancia de polimorfismos genéticos ha sido interpretada de dos maneras muy diferentes:
En primer lugar nos encontramos con la opinión de la escuela seleccionista, la cuál afirma que la mayoría de los polimorfismos genéticos tienen un valor adaptativo. Este tipo de selección fue fundadada por Darwin, quién postuló que todos los cambios biológicos que tienen lugar en el pasado afectan al presente, con lo cuál se explican con las mismas causas. Para explicar más detalladamente su teoría evolucionista, se funda en los siguientes principios:
1-Las formas de vida no son estáticas sino que evolucionan;
2-El proceso de la evolución que se produce es gradual, sin saltos discontínuos o cambios bruscos que lo alteren;
3- Los organismos emparentados descienden de un antecesor común.
4-La selección natural, es la base de todas estas deducciones. En ella podemos distinguir dos fases: La primera es la producción de variabilidad, la cuál es debida a la generación de modificaciones espontáneas en los individuos; Y la segunda es la lucha de las especies por la supervivencia, los individuos que han nacido mejor dotados podrán vencer a los cambios climáticos con lo cuál sobrevivirán y podrán reproducirsa dando lugar a nuevos individuos y de esta manera podrán dejar descendencia.

Por contra, la otra opinión es la escuela neutralista, la cuál defiende que la mayor parte de la variación genética observada es neutral o casi neutral, además no tienen valor adaptativo. Según los neutralistas, la evolución molecular es resultado de la difusión al azar de alelos neutrales o casi neutrales. También algunos mutantes pueden difundirse en una población sin tener ninguna ventaja selectiva, su suerte dependería del azar: su frecuencia variaría, incrementándose o decreciendo fortuitamente con el tiempo, porque sólo se escoge un número relativamente pequeño de células reproductoras. Los postulados que afirman este tipo de opinión en contrariedad con la esucela seleccionista son:
1-Las formas de vida son estáticas y no evolucionan;
2- El proceso de la evolución que se produce es saltacional, es decir, los antecesores no tienen nada que ver con los predecesores;
3-Los organismos emparentados no provienen de un antecesor común;
4-La teoría neutralista no tiene ningún tipo de base en la que pueda fundarse. Además no explica el desarrollo de las especies, las cuáles experimentan una serie de procesos que permitirían adaptarse al medio en el que viven y de esta manera sobrevivir.

Las mutaciones capaces de conferir una ventaja biológica se consideran muy infrecuentes; la mayoría de las mutaciones no neutrales se asimilan a las deletéreas y, por lo tanto, están condenadas a la extinción por selección negativa.