La primera tasa de mutación para un virus ARN fue calculada por C. Weissmann y colaboradores estudiando la reversión de un mutante extracistrónico del bacteriófago QB producido por mutogénesis dirigida in vitro.
Mediante experimentos de reversión y de competición entre el mutante y varios revertientes, estimaron que una sustitución en particular acontecía con una frecuencia de 0´001 a 0´0001 sustituciones por ronda de copia. Si esta frecuencia era representativa del potencial de mutación de muchas posiciones del genoma, el resultado implicaba que en una alta proporción de moléculas de ARN sintetizadas en la bacteria infectada se produciría al menos una mutación, ya que la longitud total del genoma de QB es de 4220 nucleótidos. La confirmación experimental de esta importante predicción llegó mediante el análisis sistemático de clones individuales de poblaciones clonales, es decir, derivadas de una sola partícula infecciosa. Se realizó un muestreo de secuencias de unos 160 clones del bacteriófago; los resultados indicaron que, efectivamente, cada genoma infeccioso difería, en promedio, en uno a dos nucleótidos de la secuencia consenso de la población. Estos estudios con el bacteriófago QB representaron la introducción de los conceptos de equilibrio poblacional y de cuasiespecies en la virología.
La tasa de mutación y niveles de heterogeneidad poblacional reveladas con el bacteriófago QB son representativos de la mayoría de los virus ARN analizados hasta el momento.
Es oportuno distinguir aquí tasas de mutación de frecuencias de mutante, a menudo confundidas incluso en la literatura especializada. Una tasa de mutación refleja un acontecimiento bioquímico durante el proceso de copia enzimática de un ácido nucleico: la proproción de veces que la enzima incorpora un nucleótido erróneo. El valor es independiente del destino del mutante generado. Por tanto, una tasa de mutación se define como el número de bases incorrectamente incorporadas por nucleótido y ronda de copia de un ácido nucleico . Las determinaciones de C. Weissmann y colaboradores con vectores retrovirales, representan determinaciones de tasas de mutación. En cambio, una frecuencia de mutante refleja la proporción de un mutante o grupo de mutantes en una población de genomas. Este valor depende de la ventaja o desventaja selectiva de los mutantes que se generan y, por tanto, no tiene por qué coincidir con la correspondiente tasa de mutación en el mismo acto replicativo.
Curiosamente, y probablemente debido a que muchos mutantes espontáneos observables son neutrales o casi-neutrales, a menudo las frecuencias de mutante coinciden con tasas de mutación, así como su consideración conjunta en muchos estudios comparativos.

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